A Szigetköz természeti értékeinek tudományos igényű megismerése a múlt század első felében kezdődött. Először – a vizek szabályozásával összhangban – a felszíni vizek mérőállomásai épültek ki, majd a század ötvenes éveiben a talajvizek szintjét figyelő kutak. Az 1908-ban, majd 1971-ben kiadott Duna Atlasz, továbbá Tőry Kálmán 1952-ben megjelent, a Duna és szabályozása című monográfiája foglalják össze enciklopédikus jelleggel a térség vízrajzára vonatkozó ismereteket.

A Szigetköz természeti viszonyairól 1971-ben jelent meg átfogó leírás, Göcsei Imre A Szigetköz természetföldrajza című könyve.

Az élővilág kutatását Zólyomi Bálint kezdte, a múlt század húszas éveiben. A hatvanas-hetvenes éveiben az élővilág rendszeres kutatása lényegében szünetelt. 1987-ben a terület legértékesebb részein Tájvédelmi Körzetet létesítettek, ennek 1990-ben készült Alapterve a botanikai és zoológiai értékek modern szemléletű összefoglalását adja.

A múlt század végi vízlépcsőviták időszakában, 1993-ban adta ki a Magyar Tudományos Akadémia a Szigetköz – Környezettudományi kutatások, környezeti állapot, ökölógiai követelmények című könyvet, mely a Duna elterelése előtti környezeti állapot utolsó, átfogó összefoglalása.

A védett növény- és állatvilág fajlistáit a Szigetközi Tájvédelmi Körzet 2003-ban készült Kezelési tervében gyűjtötték össze.

Az Európai Unió egységes természetvédelmi rendszere, a Natura 2000 keretében 2005-ben kijelölték a védendő természeti értékeket Magyarországon, így a Szigetközben és a Bős-Nagymarosi Terv teljes hatásterületén is.