A Szigetköz teljes egészében a Duna fiatalabb hordalékkúpján helyezkedik el. A Duna és a Mosoni-Duna fogja közre. A terület tökéletes síkság. A felszíni különbségek mindössze néhány métert tesznek ki. Általában DK felé, a Duna folyásának megfelelő irányba lejt. A tengerszint feletti magasság 110-127 m között változik. Legnagyobb magassága Sérfenyősziget mellett 127 m, a legalacsonyabb az Ásványráró melletti Bagomér és Gyűrűs nevű terület: 110 m, ahol a Duna szintjének emelkedésekor azonnal megjelenik a belvíz. A lejtési viszonyok alapján a Szigetköz két jól elhatárolható részre, Felső- és Alsó-Szigetközre osztható. A felső részen a terep magassága 125-115 m, az alsón 115-110 m. A két rész határvonala a Szigetköz legkeskenyebb részén, Ásványrárótól ÉNy-ra van. Az ártéri szint felszínének az esése Pozsony és Győr között az egész országban a legnagyobb, km-enként 20-40 cm.
 

Bár a felszíni különbségek nem nagyok, más és más élőhelyekkel találkozhatunk. Pár méteres, néha pár tíz centiméteres felszíni különbség már azt jelenti, hogy a szántóföldek helyét nedves rétek, ártéri erdők, morotvák, holtágak nádasai vagy éppen víztükrei foglalják el. A mélyebb szinteken erdők, facsoportok, fasorok, nádasok, rétek különféle kombinációja helyezkedik el, és változatosságot visz az egyhangúnak látszó tájba. Ehhez járulnak az aránylag sűrűn települt falvak, az árvízvédelmi gátrendszerek és az ellennyomó medencék.
 

A Szigetköz területén két, egymástól eléggé jól elkülöníthető szintet, illetve egy szintfoltot lehet megkülönböztetni:
 

•  alacsonyártéri szint,
•  magasártéri szint,
•  futóhomok felszínek (amelyek a magasártér szintjét megemelik).

Alacsonyártér

Az alacsonyárteret széles laposok, különböző mértékben feltöltődött holtágak alkotják. Az alacsonyártér szintje alig egy-két méterrel fekszik magasabban a Duna középvízszintjénél. Ennek a következménye, hogy tartós magas vízállás idején ezeket a területeket elborítja a belvíz. Nem is lehet egy meghatározott tengerszint feletti magassággal jellemezni az alacsonyártér területét, mert a Dunához közelebb hamarabb jelenik meg a felszínen a talajvíz és a belvíz, mint a távolabbi területeken. Ugyanakkor a Szigetköz DK-i területén alacsonyabb tengerszint feletti magasságokban sem jelentkezik a belvíz.

Az alacsonyártér széles laposai főként a két folyót, a Dunát és a Mosoni-Dunát kísérik, keskenyebb-szélesebb sávban. Területeik egy része a védőtöltéseken belül esik, amelyeket áradáskor elborítanak a Duna hullámai. Ezek a területek az év jelentős részében járhatatlanok a belvizek vagy a területet átszelő holtágak miatt. Rendszerint ártéri erdő, ritkábban legelő vagy rét található területükön. Az alacsonyártérhez kell sorolnunk a Duna mellékágai között elterülő szigeteket is. Ezek száma a Szigetköz K-i felében nem nagy, viszont Ásványráró és Cikolasziget környékén, a medvei hídtól felfelé, számuk nagyon megnövekedik.

Az alacsonyártéri laposok a védőtöltésen kívül is előfordulnak. Itt rendszerint nedves rétek, legelők jelzik területüket, közülük jó néhányat már felszántották. Nagy területek találhatók a medvei úttól nyugatra, a Duna árvízvédelmi töltése mellett.

Az alacsonyártér másik jellemző felszíni formáját a morotvák és holtágak alkotják. A Szigetköz középső és nyugati felében számuk nagy, a keleti területeken valamivel kevesebb, de különböző típusaik itt is megtalálhatók. A holtágak és morotvák típusát a tengerszint feletti magasságuk és a talajvízhez való viszonyuk szabja meg. Fejlődésük különböző stádiumban lehet. Némelyikben még nyílt víztükör csillog, pl. a dunaszegi Holt-Dunában. Ez a morotva jellemző abból a szempontból, hogy benne tavat (morotvató), nádast, nedves rétet találunk. Másutt erdő jelzi a holtágak helyét. Igen gyakoriak a nedves réttel benőtt holtágak és morotvák, amelyek gyakran zöld csíkként kanyarognak a szántóföldek táblái között. Nem lehet felszántani területüket, mert tavasszal, nyár elején, általában magas vízálláskor belvíz borítja el őket. Néha fűzfák sora jelzi az egykori holtágak, holtmedrek területét, ill. irányát. Ugyanannak a holtágnak, holtmedernek a területén gyakran igen gyorsan változik a növényzet; nádasok, fűzfaligetek, nedves rétek követik egymást.

A legjobban feltöltött holtágakat és morotvákat már felszántották és mezőgazdasági művelés alá fogták. Ezeket a kanyargós vagy ív alakú sekély mélyedéseket már csak akkor lehet észrevenni, ha a mezőgazdasági terményeket, a gabonát vagy kukoricát betakarították. A friss szántásokon, még inkább a gondosan megművelt szántóföldeken jól látszanak az egykori holtágak, holtmedrek sekély mélyedései. Különösen sok ilyen feltöltődött és művelés alá vett morotva és holtág sorakozik Dunaszeg és Dunaszentpál között. Hosszan tartó és igen magas vízállás idején ezeknek a területét is elöntheti a belvíz (mint 1965-ben és 1966-ban).

A morotvák és holtágak feltöltődésébe beavatkozott az ember is. A belvíz levezetése céljából a legmélyebb részükön csatornát ástak, amelyet összekapcsoltak más csatornákkal, és a felesleges vizet a Dunába vezették. Az árvízvédelmi töltések mellé szivattyútelepek épültek, amelyek a Duna magas vízállása esetén a belvizeket átemelik a folyóba. A csatornákat rendszerint a morotvák és a holtágak legmélyebb részén vezetik. Vizüket öntözésre is felhasználják.

Magasártér

A Szigetköz második morfológiai szintje a magasártér. A Duna közepes vízszintje felett 4-6 m magasságban helyezkedik el . Területén mindenütt jelenkori fakósárga iszap, homokos iszap rakódott le.  Ezen képződtek az öntéstalajok, amelyek a mezőségi talajjá való átalakulás tendenciáját mutatják. E finom ártéri üledék alatt majdnem mindenütt homokos kavicsrétegek feküsznek. A magasártér területét csaknem kizárólag szántóföldek foglalják el.

Futóhomok felszínek

A Szigetköz harmadik morfológiai szintjéhez a futóhomok felszínek tartoznak. Területük aránylag kicsi. Ilyeneket találunk Feketeerdő, Halászi mellett, továbbá Hédervártól DNy-ra.

A Szigetköz keleti részén egyetlen nagyobb futóhomok felszín található, a Szitás-dombnak nevezett rész. Ez a terület Győrtől északra, Sáráspusztánál kezdődik, és Bácsa északi végénél fejeződik be. Külön szintnek kell ezt a futóhomok területet tekinteni azért, mert a környezetből jelentősen kiemelkedik. Tengerszint feletti magassága 123 m; míg a környékén 112-115 m-es magasságok a jellemzők. Ez a 10 m-es szintkülönbség a Szigetközben igen jelentős. A terület magasabban fekvő része még az 1954. évi árvízből is szigetként állt ki. A futóhomokot valószínűleg a nyugati szelek fújták ki a Mosoni-Dunából alacsony vízállás idején. A futóhomok szemcseösszetételében az apró- és középszemű homok a jellemző, ami általában megegyezik a magyarországi futóhomokkal. Érdekes, hogy a Hanság szélén kialakult homokbuckák (gorondok) anyagával is nagy egyezést mutat. A Győr-Sopron közti műút által keresztülvágott homokdűne (a rábapatonai vasútállomás és a Rózsáscsatorna között) szemcsenagysága alig tér el a szitás-dombi futóhomok szemcsenagyságától. A futóhomok szemcsenagysága nyugatról kelet felé finomodik, ami igazolja a nyugati szél munkáját. A futóhomok többször is megindult, mert több helyen látunk feltárásban egy-egy fosszilis talajréteget, de olyan szelvény is van, ahol egymás alatt három eltemetett fosszilis talajréteg található. Száraz időben újra megindult a homok, és a szél újabb rétegeket rakott le.

A futóhomokon jellegzetes formák nem mutathatók ki, és az emberi beavatkozás is lényegesen megváltoztatott egyes részeket. Sáráspusztánál a műúttól nyugatra tekintélyes területen lehordták a homokot, melyet győri építkezésekhez használtak fel. A lehordott területen nyárfaerdőt telepítettek. A műúttól keletre néhol eredeti formában van meg a félig kötött homok, néhol a buckák tetején homokfodrok is megjelennek.

A felszín változásai a Duna elterelése után

A felszín változásai a vizek partjainak környezetében jelentősek, a folyam lecsökkent vízhozama- és vízszintje, valamint - helyenként jelentősen - lecsökkent sebessége miatt. Az ártéren 1992 óta csak néhány napig volt vízborítás, holott természetes állapotban ez minden évben hetekig tartott.

Vízállások Pozsonynál és Remeténél

Valahányszor a nagyvízszintet jelentő vonal fölött halad a pozsonyi görbe,
természetes állapotban a szigetközi hullámteret elárasztotta volna a víz.

Változások a Duna főmedrének környezetében

A Duna környezetében a legfeltűnőbb a középvízi meder összezsugorodása. A mostani folyómederben a hajdani ideiglenes zátonyok szigetként kiemelkedtek, állandósultak és beerdősültek. Megváltozott a jelenleg vízzel borított részek mederanyaga, kavics helyett nagy területeken iszap és agyag halmozódott fel.

A Duna partvonal-változása Ásványrárónál

Az 1971. évi Duna-atlasz térképén feltüntetve a 2002. évi partvonalat, jól látható a meder összezsugorodása

A Duna medertopográfiai vizsgálata 1992 óta rendszeresen folyik. Az első felmérést közvetlenül a Duna elterelése előtt végezték, ehhez a felvételhez viszonyítva értékelik a meder domborzatának változását. A számítások egy szélsőségesen alacsony vízhozam mellett kialakuló felszíngörbére (MVSz'90) vonatkoznak, azaz a teljes középvízi medernek csak a "belső" részét tartalmazzák. A Rajka-Szap szakasz túlnyomó részén megfigyelhető a meder jelentős beszűkülése, a parti zátonyok fejlődése, rajtuk tekintélyes sűrűségű és magasságú növényzet kialakulása.

A Duna mederváltozása Dunakiliti és Gönyü között az 1992-2003 időszakban

Az 1793-1840 fkm szakasz az 1992-2003 időszakban 1078 ezer m³ töltődés és 3734 ezer m³ mélyülés eredőjeként 2658 ezer m³ térfogat növekedést mutat. Ez az egyenleg az alvízcsatorna alatti folyamszakasz jelentős mélyülésének hatására alakult ki.

A Dunakiliti feletti szakasz medertérfogata 380 ezer m³-rel csökkent. A 2002. évi árvizek által okozott enyhe eróziót követően 2003-ban ebből 120 ezer m³ szedimentáció származott.

Az Ásványráró és Szap közötti Duna-szakaszon a feltöltődés adja a mederváltozás döntő részét, elsősorban a bősi alvízcsatorna vízhozamának visszaduzzasztása következtében. A legnagyobb, összefüggő homokos kavics lerakódási helyek a tartósan fennálló duzzasztási határok környezetében alakulnak ki, a Szap feletti 8-10 km hosszú szakaszon pedig lefelé haladva egyre finomabb szemösszetételű iszapos homok rakódik le. A 2002. évi két árhullám az előbbieket alig volt képes koptatni, vagy elteríteni, a finom iszapot viszont augusztusban hatásosan kimosta, mivel a Dunán több mint kétszer akkora vízhozam érkezett Szaphoz, mint az alvízcsatornán. A 2002. októberi mederfelvétel és mederanyag mintavétel azonban kimutatta, hogy a finom anyag visszatelepedése megkezdődött a főmeder alsó szakaszán. Az 1811-1823 fkm között, az alvízcsatorna által duzzasztott szakaszon 320 ezer m³ anyagtöbblet van, amely 15-20 cm-es töltődést bizonyít.

Változások az ágrendszerben

A bős-nagymarosi építkezés jelentősen megváltoztatta a szigetközi ágrendszer arculatát is. Ezek a változások napjainkban is folynak. A változásoknak három fő eleme van:
 

•  a Duna és az ágak kapcsolatának megváltoztatása,
•  új medrek kotrása és vízszintszabályozó művek építése,
•  az ágakba mesterséges vízpótlás révén kerül a víz.

A jobb parti ún. mederfenntartó út építésekor (1985-től kezdődően) a meglévő zárásokat megmagasították és újakat hoztak létre, az ágakat fokozatosan leválasztották a Dunáról. Az ún. vízpótló főág kiépítésekor (1989-90-ben) három, viszonylag hosszú, új "ágat" hoztak létre: a doborgazi és a nyáras szigeti átvágást, valamint a cikolai és ásványi ágrendszert összekötő csatornát.

A Szigetközi ágrendszerek 1992 óta ellenőrzött mederváltozásában túlnyomóan a töltődés volt az uralkodó medermorfológiai folyamat. Az ágakat érintő morfológiai változásokra példaként álljon itt a Bagoméri ág felméréseinek összehasonlítása. Az ág 12 éves eredő mederváltozása 332 ezer m³ szedimentáció volt, amely 80 cm-es fajlagos feltöltődést jelent.

A Bagoméri ág mederváltozása az 1992-2003 időszakban